A település és környéke már az ókorban is lakott hely volt, amit az itt talált római-kori leletek is bizonyítanak. Magyarbóly régi iratok szerint, „Bój”, „Bója”, Magyarbólya” néven volt feljegyezve. Magyarbóly neve valószínűleg „Bója”, vagy „Bójta” magyar vezértől ered, kiről III. Béla király névtelen jegyzője Anonymus azt mondja, hogy a honfoglaláskor (896—898), Ete vezértársával együtt, Dunaszekcsőnél — a Dunán átkelve — e vidékkel együtt, melynek akkori neve Pannónia volt, elfoglalta. Magyarbóly neve először 1287-ben tűnik fel az oklevelekben, ekkor Boyad alakban írták. A falu hosszú ideig a Bólyai család birtoka volt, majd a Kórógyiak lettek birtokosai, a Kórógyi család alapítása volt az itteni ferences rendi kolostor is, mely hosszú évtizedekig működött itt. 1380. évi Baranyamegyei levéltári feljegyzésekben Bóli István nevezetű és Bóli András egy birtok miatt tárgyaltak. A Bóli birtokon, több község keletkezett, melyeket lakóiról, Magyarbóly Németbóly-Rácbólynak neveztek el. E községek mind a mai napig megtartották elnevezésüket. Községünk régebben az országút és a Karassa patak közti vizenyős részen terült el.
A 15. században a környék híres volt borairól és kereskedelméről, de a fellendülést a török megszállás megtörte. A községtől nem messze, a Németmárok felé vezető út bal oldalán, a volt uradalmi erdő- terület egy völgyes-dombos részét, a nép ma is, „Türken Schanze”-nak, „Török sánc”-nak nevezi. Hogy itt a törököknek erődje, szállása, vagy temetője volt-e, (avagy a rómaiak útja, erődítménye) azt csak az ásatásokból tudnók meg. Magyarbóly régi lakói, amint annak neve is mutatja és az első lelkész, Roykó is megjegyzi, magyarok voltak, akik azonban a török háborúkban elvéreztek. A Magyarbólytól kb. 30 km. fekvő Mohácsnál történt szomorú kimenetelű csatában, 1526. aug. 29-én sok ezer magyar vitéz esett el a hazáért. A pécsi egyetemi (püspöki) könyvtárban levő török adó- könyvekben azt olvashatjuk, hogy Dezsőbólyban 1554-ben 18, 1571-ben 29, í583-ban 34 ház fizetett adót a töröknek. Több, mint 150 évig sínylődött Magyarország, a török iga alatt, míg végre 1687. aug. 12-én, a nagyharsányi csatában a magyarok győztek és a törököket végleg kiűzték az országból. E csaták győztes vezérei voltak többek közt: Savoyai Jenő, ki vitézségéért a magyar királytól a bellyei (1699) és gróf Weieráni Gyula (és Vince) ezredes, aki a dárdai uradalmat kapta (1700), melyhez Magyarbóly is tartozott. A török háborúk alatt Magyarbóly környékén a következő virágzó magyar falvak pusztultak ki: Csipőtelek (Idamajor mellett), Henye (Illocska mellett), Fehérfalu, a mai Glibaric és rácbólyi sorompó határában, továbbá Keresztes, a Villány-Mohács vasút keresztezésénél, Perecske, a magyarbólyi uradalmi puszta környékén, ahol a Ferenc-rendűeknek kolostora is volt. 1755 és 1830 között tolnai sváb telepesek érkeztek a faluba. Ők építették a falu első iskoláját és a templomot is. A település sokáig a környék evangélikusságának a központja volt.
1918 okt. 31-től, a megpróbáltatásnak súlyos ideje következett el Magyarországra és a térségre egyaránt. 1918. nov. 7-én hirdették ki Magyarbólyban a statáriumot. Miután a magyar katonaságot feloszlatták és nem volt senki, aki a határt védje, az ellenség minden oldalon benyomult az országba. Magyarbólyba 1918. nov. 18-án jött be a szerb katonaság és Pécs-Abaligetig, közel 3 évig megszállva tartotta vármegyénket.
A környékbeli sváb lakosság többségének ellensúlyozására 1939-40-ben a kelet-magyarországi területekről, a Szabolcs vármegyei Vaja faluból érkeztek vajai telepesek a községbe, így az 1900-as évek első felének közepére Magyarbóly egy soknemzetiségű falu lett. Magyarbóly neve összeforrott Vaja településével. A II. világháború kitörése előtt ugyanis, az akkori felelős magyar kormány döntést hozott, 36 – túlnyomó részt református vallású – vajai család áttelepüléséről. Az intézkedésnek több célja is volt: a legfontosabbnak azok közül a szabolcsi, föld nélküli, vagy kevés – a család megélhetését nem biztosító – földterülettel rendelkezők kellő nagyságú birtokhoz juttatása. Ugyancsak hasonló, szociális és nemzetgazdasági célzattal bírt az „egykés” baranyai vidékek benépesítése is. A politika terveit szolgálta a rendelkezés azon része, amely a németajkú lakosság túlsúlyának és politikai befolyásának csökkentésére irányult. Ahol 1939 nyarán még szántóföldek álltak, oda novemberre már egy teljesen új településrészt építettek fel. A falunak ezt a részét – Horthy Miklós kormányzó neve után, aki a telepítés legfőbb kezdeményezője volt – még mindig „Horthy-telepnek” hívják. A házak árát a beköltöző családok pénzben és terményben fizették vissza az államnak a következő évek során. Mivel a telepesek nagyobb része református vallású volt, Bács Géza személyében lelkész is jött velük Vajáról. Megérkezésük után új gyülekezetet alapítottak Magyarbólyban, és hamarosan tervbe vették egy templom építését. Magyarbóly egykori őslakosai „betolakodóknak” tekintették a szabolcsiakat, és ezirányú ellenérzéseiket ki is mutatták. A magasabban fekvő „Horthy-telep” lakóit és a helyieket a következő tavaszi árvíz hozta közel egymáshoz, megtapasztalva az idegenek önfeláldozó tevékenységét a falu és az emberéletek mentésében. A földönfutóvá letteket a „vajaiak” házaikba befogadták és családtagjaiknak tekintették őket. Ez a katasztrófa gyökeres fordulatot hozott a következő évek és évtizedek során a két településrész lakóközösségének életében. Közös erővel iskolát építettek, templomot emeltek. A szükség és a jószándékú „betelepültek” közösségépítése elkezdődött.
A település nevezetességei
Az evangélikus templom
Az evangélikus templom 1854-ben készült el romantikus stílusban. Hossztengelye párhuzamos az utca vonalával, bejárata északra nyílik. Legértékesebb alkotása Madarász Viktor Utolsó vacsora című oltárképe.
A református templom
Építése nagyon elhúzódott 1943-tól 1993-ig tartott. Maga az épület aránylag hamar elkészült, a munkálatok befejezésére azonban – megfelelő anyagiak híján – sokáig nem volt képes a református közösség. Évtizedeken keresztül úgy folytak az istentiszteletek a templomban, hogy a falak nem voltak bevakolva, a gyülekezeti tagok pedig fatuskókra helyezett deszkákon ültek. A helyzet a rendszerváltás után, az 1990-es évek elején változott meg, amikor alkalom adódott az építkezés befejezésére. Ekkor vakolták be a falakat, és ekkor készültek el a padok is. A templomot az alapkőletétel után 50 évvel, 1993-ban szentelte fel Hegedűs Lóránt református püspök. Az épület eredetileg kéttornyú lett volna, amelyből végül is csak az egyik torony készült el. A szószéket állítólag a diktatúra legkeményebb éveiben, az 50-es évek elején itt szolgáló lelkész, Bajusz Ferenc építette a két kezével, aki később állásától megfosztva ipari munkásként dolgozott, majd rehabilitálva a budapesti teológia professzora lett. Sípos orgonával templomunk sajnos nem rendelkezik, egy kisebb harang beszerzése rövidebb távú terveink között szerepel. Időközben a gyülekezet összetétele is megváltozott, hiszen a vajaiak mellé Debrecen környékéről ideköltözött, és Felvidékről erőszakkal kitelepített református családok is érkeztek a faluba. Jelenleg egy kis létszámú, de lelkes közösség alkotja gyülekezetünk magvát. A magyarbólyi egyházközséghez még hét falu tartozik szórványként, ezek egyikében sincs református templom vagy imaterem: Lapáncsa, Illocska, Kislippó, Lippó, Bezedek, Ivándárda és Sárok.
A katolikus templom
A régi harangtorony mellett egy lakóházból alakították ki az imaházat 1969-ben.
A szerb ortodox templom
A rossz állapotban lévő templom 1813-14-ben épült. Hossztengelye merőleges az utca vonalára, bejárata nyugatra nyílik.
A településen született Iglódi István Kossuth-díjas magyar színész és rendező (Magyarbóly 1944 április 29 – Budapest 2009 december 3.). Olyan ismert filmekben játszott, mint a Tizedes meg a többiek, a Bors, vagy a Koppányi Aga testamentuma, de rendezőként is nagyot alakított, nevéhez fűződik a Gyertyák csonkig égnek című Márai regény filmrendezése.